Fridus van der Weijden studeerde in 1984 af als tandarts aan de Universiteit Utrecht. In 1990 werd hij door de Nederlandse Vereniging voor Parodontologie (NVvP) erkend als tandarts-parodontoloog. Drie jaar later promoveerde hij aan de Universiteit van Amsterdam op het proefschrift “The use of models and indices in plaque and gingivitis trials”.
Sinds 1989 verdeelt hij zijn tijd tussen Paro Praktijk Utrecht, Implantologie Utrecht (per 2026 Proclin Utrecht) en de afdeling Parodontologie van het Academisch Centrum Tandheelkunde Amsterdam (ACTA). In 2006 werd hij door de Nederlandse Vereniging voor Orale Implantologie (NVOI) erkend als tandarts-implantoloog.
In 2009 ontving hij van het bestuur van het Ivoren Kruis de Carl Witthaus Medaille, en in 2010 werd hij met ondersteuning van de NVvP benoemd tot bijzonder hoogleraar “Preventie en therapie van parodontale infecties” aan de Universiteit van Amsterdam. Tussen 2010 en 2017 was hij tevens lid van het bestuur van de NVvP. In 2017 werd zijn leerstoel door ACTA omgezet in een reguliere hoogleraarpositie.
Zijn werk werd herhaaldelijk onderscheiden: in 2018 werd hij benoemd tot ere-lid van de NVvP, in 2019 ontving hij de Yngve Ericsson Prize van de European Organization for Caries Research (ORCA) voor zijn buitengewone bijdrage aan de preventie van mondziekten, in 2020 de IADR/PRG Award voor innovatieve benaderingen van preventie en niet-chirurgische behandeling van parodontale en peri-implantaire aandoeningen, en in 2021 de NVvP Preventieprijs.
Na het beëindigen van zijn reguliere aanstelling bij ACTA in 2024, is hij als gastmedewerker verbonden gebleven aan de afdeling Parodontologie. In 2025 werd hij onderscheiden met de NVvP Distinguished Scientist Award.
Hij is (mede)auteur van diverse boeken, waaronder De stille kracht van ultrasoon, Diagnostiek van parodontale aandoeningen en Mondverzorging: van wetenschap naar praktijk (deel I & II), was co-redacteur van Preventieve Tandheelkunde. Hij leverde een belangrijke bijdrage aan de patiënten informatiefolders en de informatie kaarten van de NVvP. Hij publiceerde circa 250 internationale en 150 Nederlandstalige wetenschappelijke artikelen.