Guusje Schipper stuurde in 2008 af aan het Academisch Centrum Tandheelkunde Amsterdam (ACTA). De eerste jaren werkte zij als ziekenhuistandarts in het Academisch Medisch Centrum in Amsterdam (AMC) en daarnaast als tandarts-algemeen practicus.
Sinds 2012 is zij werkzaam bij de Stichting voor Bijzondere Tandheelkunde (SBT), waar zij in 2017 de opleiding tot tandarts gehandicaptenzorg afrondde. Daarnaast is zij vanaf 2015 verbonden aan het Centrum voor Bijzondere Tandheelkunde Jellinek, waar zij mensen met een harddrugs- en/of alcoholverslaving behandelt.
In 2018 trad zij toe tot het bestuur van de Vereniging Mondzorg voor Bijzondere Zorggroepen (VMBZ) waar ze sinds 2019 de rol van secretaris vervult.
